Duch Zeldy towarzyszy Linkowi w podróży po tajemniczych krainach, wioskach i świątyniach oraz w bezpośredni sposób wpływa na przebieg akcji gry. To dzięki Zeldzie na przykład, gracze mają kontrolę nad uzbrojeniem Phantomów. Z jej pomocą mogą sterować zarówno tymi nowymi sprzymierzeńcami jak i samym Linkiem oraz zwalczać przeciwników, rozwiązywać zagadki lub odkrywać tajemnice. Zelda podróżuje oczywiście specjalnym pociągiem Linka. Tym sposobem może zawsze służyć mu radą i pomocą w odkrywaniu nowych regionów i pomocnych narzędzi.
Link i Zelda wspólnie stawiają czoła prastarej, mrocznej mocy, która próbuje się uwolnić ze swej dotchczasowej ciemnicy pod Wieżą Bogów w Hyrule. Link może tutaj liczyć nie tylko na pomoc swej nowej/starej towarzyszki, ale również na moc magicznych przedmiotów, takich jak piaskowa pałeczka, bicz czy powietrzna armatka, która po dmuchnięciu przez gracza w mikrofon konsoli Nintendo DS wywołuje małe tornada. Poza tym ma on oczywiście do dyspozycji owianą tajemnicą fletnię – spirit pipe, która jest w stanie zmienić otoczenie Linka, w momencie gdy zagra na niej odpowiednią melodię.
W The Legend of Zelda: Spirit Tracks gracze mogą wybrać tryb gry single lub oddać się zabawie na sześciu różnych arenach trybu multiplayer. Dzięki bezprzewodowej komunikacji konsoli Nintendo DS na wycieczkę do fantastycznej krainy Linka i Zeldy udać się może nawet czterech graczy jednocześnie.