W tym celu wybieramy z menu polecenie »Tools | Options« i w zakładce “General” klikamy przycisk “Browse” w polu Output Files. Wskazujemy katalog i zapisujemy ustawienie, naciskając przycisk “OK”. Aby wybrać plik do przetworzenia, klikamy przycisk “Source”. W celu wskazania pojedynczych plików wybieramy pozycję “Video file”, a żeby przetworzyć kompletną zawartość płyty DVD skopiowaną na dysk – pozycję “DVD/VIDEO_TS”. Jeżeli płyta DVD znajduje się w napędzie, możemy też skonwertować zapisany na niej materiał bezpośrednio. HandBrake przeanalizuje pliki źródłowe i wyświetli kolejne okno dialogowe. Teraz za pomocą pól wyboru w polu “Source” wybieramy, które filmy lub rozdziały w materiale źródłowym mają zostać przetworzone. Chcąc skonwertować zawartość muzycznej płyty DVD, za pomocą pól wyboru “Chapters” wybieramy pojedyncze utwory. W polu “Destinations” określamy nazwy nowych plików. Pozostałych parametrów nie musimy definiować ręcznie skorzystajmy z gotowych wzorów ustawień dla konkretnych odtwarzaczy. W tym celu w polu “Presets” po prawej stronie okna wybieramy “Apple”, a dalej “iPod”. HandBrake automatycznie ustawi parametry w zakładkach “Picture”, “Video”, “Audio” i “Chapters”. Aby rozpocząć konwersję, kliknijmy “Start”.
Proces ten jest skomplikowany i, w zależności od mocy obliczeniowej komputera, może zająć sporo czasu. Gotowy plik M4V możemy skopiować na iPoda.