Wszystko wskazuje na to, że właściciele BackDoor.BlackEnergy.36 używali również wcześniejszych wersji tego złośliwego oprogramowania. Założenie to wynika z faktu, że BackDoor.BlackEnergy.36 wykorzystuje ten sam klucz kodowania danych, który był używany w niektórych botnetach BlackEnergy, kontrolowanych z serwerów zamkniętych latem 2012 r.
W odróżnieniu od poprzednich wariantów, plik konfiguracyjny BackDoor.BlackEnergy.36 przechowywany jest w zakodowanej postaci w oddzielnej sekcji biblioteki DLL, której kod w czasie działania Trojana wstrzykiwany jest w kluczowe procesy systemowe, takie jak svchost.exe czy explorer.exe. Poza tym, w wersji BackDoor.BlackEnergy.36 zmieniony został również protokół sieciowy, za pomocą którego następuje wymiana danych z serwerem kontroli.