Przełom w badaniach nad wirusem HIV

Dzięki planowanemu zwiększeniu liczby akceleratorów graficznych w superkomputerze Blue Waters, naukowcy z UIUC planują wydłużenie czasu symulacji, aby uzyskać lepszy wgląd w strukturę oraz zachowanie kapsydu HIV. Prace nad kapsydem stały się ważnym celem dla opracowania nowych leków antyretrowirusowych, szczególnie w świetle informacji, że małpy rezusy wykształciły odporność na wirusa HIV dzięki białku, które zakłóca działanie tego kapsydu.
archiwum
31.05.2013|Przeczytasz w 2 minuty
Przełom w badaniach nad wirusem HIV

Naukowcy zUniwersytetu Illinois w Urbana-Champaign(UIUC) osiągnęli przełom w walce z ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV), przy wykorzystaniuakceleratorów graficznych Nvidia Tesla, podała firma Nvidia.

W artykule opublikowanym w najnowszym numerzeNature– najczęściej cytowanym magazynie naukowym na świecie – i wyróżnionym na jego okładce, opisano wyniki współpracy naukowców z UIUC oraz Szkoły Medycznej Uniwersytetu Pittsburskiego, którzy po raz pierwszy w historii określili precyzyjnie chemiczną strukturę kapsydu wirusa HIV, tj. białkowego płaszcza chroniącego jego materiał genetyczny. Poznanie tej struktury może być kluczowe do powstania nowych i skuteczniejszych leków antyretrowirusowych pomagających zwalczyć wirusa, który zabił już około 25 milionów osób, a kolejnych 34 milionów jest zarażonych.

Naukowcy z UIUC poznali szczegóły struktury kapsydu dzięki pierwszej molekularnej symulacji wirusa HIV, uruchomionej na Superkomputerze Blue Waters. Maszyna ta bazuje na platformie Cray XK7 i jest wyposażona w 3000akceleratorów graficznych Tesla K20X. Jego moc pozwoliła naukowcom na uruchomienie największej symulacji w historii badań naukowych, obejmującej aż 64 miliony molekuł.

Kapsyd to białkowa osłona wirusa, która zawiera jego materiał genetyczny. Chroni ona i “przemyca” ten materiał do ludzkich komórek. Po przedostaniu się do środka, materiał jest wypuszczany na zewnątrz. Tak rozpoczyna się infekcja.
Do tej pory nie utworzono jeszcze leków, których celem byłby kapsyd wirusa HIV. Jednak zdobyte informacje o strukturze kapsydu wirusa HIV dają farmakologom możliwość stworzenia nowych i bardziej skutecznych leków zwalczających HIV.
Więcej:Nvidiasuperkomputery
UdostępnijTwitter