Paul Allen urodził się 21 stycznia 1953 r. w Seattle. Z Billem Gatesem zaprzyjaźnił się jeszcze w szkole podstawowej. Potem spotykali się w laboratorium Wydziału Informatyki Uniwersytetu Waszyngtońskiego. Odwiedzali je tak często, że w końcu zakazano im wstępu.
Ze studiów na uniwersytecie w Waszyngtonie zrezygnował na rzecz pracy programisty w firmie Honeywell w Bostonie. Tam, na Uniwersytecie Harvarda studiował Bill Gates. Wówczas Allen namówił go do założenia firmy programistycznej. Razem opracowali swój interpreter programu BASIC. Lecąc do siedziby firmy Micro Instrumentation and Telemetry Systems (MITS) Allen uświadomił sobie, że wprawdzie ma zaprezentować ów interpreter, ale ani on, ani Getes nie napisali programu służącego do wczytania interpretera z taśmy do pamięci komputera. Zanim samolot wylądował Allen napisał kod w języku maszynowym dla mikroprocesora Intel 8080.
Udana prezentacja w MITS i popularność komputera Altair 8800, uznanego za za pierwszy komputer osobisty w historii, skłoniła obu panów do założenia Microsoftu. Późniejszy zakup programu o nazwie QDOS (Quick and Dirty Operating System), napisanego przez Tima Patersona z Seattle Computer Products i przerobienie go na potrzeby kontraktu z Intelem na MS-DOS dały początek potędze Microsoftu. A ta przyniosła skutek w postaci olbrzymiego majątku osobistego Paula Allena (i Billa Gatesa oczywiście też).
W 2011 r. Paul Allen opublikował swoje wspomnienia pt. “Idea Man”, w których wyjątkowo szczerze opowiedział o relacjach z Billem Gatesem. W efekcie obydwaj panowie podobno przez rok się do siebie nie odzywali. Zdążyli się jednak pogodzić przed śmiercią Paula Allena w 2018 r.